قسم المختبرات هو جزء أساسي من المنظومة الصحية في العراق، يهدف إلى تحقيق نظام صحي متكامل وداعم لجميع الخدمات الصحية المقدمة في البلاد. يسعى القسم إلى أن يكون شريكاً مهماً في تطوير واقع الخدمات الصحية والمختبرية من خلال الريادة، الاحترافية، وضمان الجودة في جميع مختبرات المؤسسات الصحية.
يعمل القسم على تنفيذ مهام متعددة لتحقيق رؤية واضحة تتمثل في تقديم خدمات تحليلية دقيقة ومعتمدة عالمياً، تلبي احتياجات جميع فئات الشعب العراقي. يتضمن ذلك تطبيق نظام السيطرة النوعية داخلياً وخارجياً، وتوفير الأجهزة والمستلزمات المختبرية اللازمة لضمان دقة وكفاءة الخدمات. كما يُولي القسم اهتماماً خاصاً بتطوير الكوادر المختبرية من خلال التدريب المستمر، لضمان تلبية متطلبات المجتمع المتغيرة والارتقاء بمستوى الأداء.
يُنسق القسم جهوده مع الشعب المختبرية في المحافظات لتحقيق أهداف مشتركة تضمن جودة وموثوقية الخدمات المختبرية، مع التركيز على الابتكار التقني واستخدام تكنولوجيا المعلومات لرفع مستوى الخدمات وضمان تلبية احتياجات القطاع الصحي بكل كفاءة.